１階の玄関を通って建物内に入ると，エントランスホールがあります。館内は自由にご覧いただけますので，左手奥の受付係員まで声をおかけください。
遺跡で出土した遺物は，水洗い後，注記・接合・復元・実測・トレース・レイアウトなどの作業を経て一冊の報告書にまとめ上げられます。ここではその報告書作成のための整理作業を行っています。
当センターでは平日（月～金）の間，発掘調査報告書作成のための整理作業の様子や収蔵庫等を公開していますので，ご自由にご覧ください。
なお，土・日・祝祭日は休所日です。予めご了承ください。
調査課では，鹿児島県内全域での発掘調査や発掘調査報告書作成に関する仕事をしています。平成17年度から調査課は調査第一課と調査第二課に分かれ，それぞれが第一調査係と第二調査係をもち，事業別に業務を進めてきました。
平成25年度からは国事業に関する業務は（公財）埋蔵文化財調査センターが行うこととなり，県立埋蔵文化財センターの調査課では，県事業に関する業務や市町村支援，研修等を行っています。
ここでは，理化学的な機械を使って出土した遺物などをさまざまな方法で分析しています。分析機器類には，20万倍まで拡大して観察できる「走査型電子顕微鏡」や土器などに含まれるものを調べるＸ線分析装置などがあります。
遺跡の調査をしていると土器や石器の他に，鉄や銅でできた遺物や昔のお金が出土することがあります。鉄器処理室ではこれらに含まれる塩分や水分を除去して保存する作業を行っています。
鹿児島県でも杭列（くいれつ）や木簡（もっかん）など多くの木器が出土しています。木器処理室ではこれらの木器が乾燥したり変形したりして壊れてしまうのを防ぐために，薬品を使って処理しています。木製品に薬品をしみこませる作業は数か月から１年もの時間がかかります。
ここでは，「発掘調査報告書」に掲載する土器や石器などの写真撮影を行います。整備された機材を使い，それぞれの土器や石器の特徴が十分にわかるように，カメラや遺物の位置・光の加減などを調整しながら慎重に撮影を進めます。
また，遺跡の記録保存のために撮影された写真の現像も行います。
研修室兼会議室には，各種研修会や講座を開催するために，大画面スクリーンを備えた映像システムを設置しています。ビデオやスライドなどのアナログデータやパソコン・インターネットなどのデジタルデータを利用した研修が可能です。
一般収蔵庫には発掘調査によって各地から出土した約40,000箱分の土器や石器などが保管されています。保管された土器や石器は「上野原縄文の森展示館」へ展示されたり，「発掘調査報告書」作成や各種展示会・講演会などに利用されます。埋蔵文化財センターにはこの他に，温度や湿度を一定に保つようにした「特別収蔵庫」も整備されています。
南の縄文調査室では，「調査研究」「情報発信」「保存処理」「縄文の森」に関する４つの分野の仕事をしています。上野原遺跡に代表される南九州の縄文文化についての調査・研究をはじめ，収蔵資料管理業務，図書並びに資料等の貸出業務，ホームページをはじめとする情報発信業務，遺構や遺物の保存分析業務，上野原縄文の森企画展や埋蔵文化財センターの館内展示などの企画運営業務などを行っています
情報処理室では，埋蔵文化財情報のデジタル化を進めています。当センターの所蔵する遺跡・遺構・遺物に関する情報をインターネットを通じて検索できるシステムを構築しています。また，ホームページ等を利用して学校教育や生涯学習などの多様な場面で利用していただくための情報を随時作成しています。
県内外の報告書や文献を収集し保管しています。１１列ある本棚には現在約4万冊の本が収められています。また，パソコンを使って報告書などの検索ができるように整備しています。一般の方も自由に来室し閲覧できますので，ぜひ，お越し下さい。